بیوتکنولوژی پیشرفت‌هایی را در دامپروری به ارمغان آورده‌است. حیوانات مزرعه امروزی، بزرگتر بوده و سریع‌تر از حیوانات پیشین رشد می‌کنند. به عنوان مثال، گاو، از جمله حیوانات چراکننده است. سیستم گوارشی آن برای پردازش علف‌ها تکامل یافته‌است. ذرت و غلات دیگر سبب اسیدی شدن دستگاه گوارش گاو می‌شود. این امر رشد باکتری‌های خطرناک (مانند ای کولای) را آسان‌تر می‌کند. عفونت‌های باکتریایی می‌توانند برای گاو مضر باشند و همچنین می‌توانند شیر و گوشت مصرف شده توسط مردم را آلوده کنند.
برای مصرف آنتی‌بیوتیک‌ها در پرورش دام، طیور، آبزیان و زنبورعسل استانداردهایی علمی مانند دوره پرهیز یا همان دوره منع مصرف تعیین شده است که پیش از سپری‌شدن زمان منع مصرف، دامپزشک نباید اجازه ارسال دام و طیور به کشتارگاه یا مصرف شیر و دیگر فراورده‌های جانوری را بدهد.[۳۳] به‌علاوه از آنتی‌بیوتیک در ایران به‌عنوان محرک رشد در تولید محصولات دام، طیور، آبزیان و زنبورعسل نیز استفاده می‌شود[۳۴] که در ادبیات عامه به‌اشتباه به‌نام گوشت و مرغ هورمونی شناخته شده است.[۳۵] اما در بسیاری از کشورها و مناطق توسعه‌یافته مانند اتحادیه اروپا، به‌کارگیری آنتی‌بیوتیک به‌عنوان محرک رشد گیاه یا جانور ممنوع است.
کنترل آفات شامل مدیریت علف‌های هرز، حشرات، کنه‌ها و بیماری‌ها است. برای اینکار از روش‌های شیمیایی (سموم دفع آفات)، بیولوژیکی (کنترل بیولوژیک)، مکانیکی (خاکورزی) و فرهنگی استفاده می‌شود. روش‌های فرهنگی عبارتند از: تناوب زراعی، کاشت گیاهان پوشش دهنده، کشت مخلوط، کمپوست سازی، اجتناب و مقاومت می‌باشد.
همان‌طور که جمعیت و تقاضا برای غذا افزایش می‌یابد، فشاری بر منابع زمین هم وجود دارد. خشکی را می‌توان یک منبع محدود روی کرهٔ زمین در نظر گرفت توسعه زمین کشاورزی تأثیری بر تنوع زیستی و قطع درختان جنگل دارد.
ابن خلدون کشاورزی را مقدم بر تمام پیشه‌های بشری می‌داند، زیرا که امری بسیط و فطری و طبیعی است، و در آن نیازی به اندیشه و دانشی نیست و بدین سبب عامهٔ مردم آن را به آدم ابوالبشر نسبت می‌دهند، و او را معلم و انجام‌دهندهٔ آن می‌دانند؛ و این نکته اشاره‌ای است more info به اینکه کشاورزی قدیمی‌ترین راه معاش و شایسته‌ترین وسیلهٔ طبیعی آن است.[۵]
امروزه در دریاچه‌ها، برکه‌ها، اقیانوس‌ها و دیگر آب‌های سراسر جهان انجام می‌شود. برخی از اشکال آبزی پروری، مانند پرورش میگو، به صنایع مهمی در بسیاری از کشورهای آسیایی و آمریکای لاتین تبدیل شده‌است. صید ترال از کف بر اکوسیستم‌های اقیانوسی تأثیر گذاشته‌است. در صید ترال از کف، تورهای عظیمی به قایق‌های ماهیگیری بسته می‌شوند و در ته اقیانوس کشیده می‌شوند. تورها لوزی ماهی و ماهی مرکب را صید می‌کنند، اما رسوبات را نیز در کف اقیانوس به هم می‌ریزند.[۶۴]
قیمت‌های بالای انرژی در نتیجه منابع سوخت فسیلی که در حال تمام شدن هستند ممکن است به‌طور منفی بر امنیت جهانی غذا تأثیر بگذارد مگر اینکه اقدامی برای جدا کردن انرژی سوخت فسیلی از تولید غذا با یک حرکت به سمت سیستم‌های کشاورزی با انرژی هوشمند انجام شود.
گزینه آخر در دههٔ ۱۹۷۰ مطرح شد ولی جدیداً عملی و امکان‌پذیر شده‌است. گزینه‌های قابل پایدار برای جایگزینی مواد مغذی دیگر (فسفر، پتاسیم و …) بیشتر محدود می‌باشند.
خشکسالی در این دوره بخشی بزرگ از کارایی و توان کشاورزی را از بین برد؛ به گونه‌ای که بسیاری از روستاهای این کشور که به عنوان قطب کشاورزی و دامپروری شناخته شده بودند، با توجه به بی‌آبی مجبور شدند که به سوی روستاهای پرآب‌تر و شهرها مهاجرت کنند. مرکز پژوهش‌های مجلس شورای اسلامی در این باره اعلام کرده است که با گسترش یافتن خشکسالی در ایران، دوسوم این کشور به مناطق بیابانی تبدیل گشته است. گزارشی در سال ۱۳۹۴ در اقتصاد آنلاین می‌گفت: «در کمتر از ۱۰ تا ۱۵ سال، ۷۰ درصد آب‌های زیرزمینی ایران که طی هزاران سال ذخیره شده، مصرف شده و اکنون فقط ۳۰ درصد این ذخایر باقی مانده‌اند».
در اواخر دهه ۱۹۵۰، اکثر کشاورزان در کشورهای با درآمد بالا از بنزین و برق برای تأمین انرژی ماشین آلات استفاده می‌کردند. تراکتورها جایگزین حیوانات بارکش و ماشین آلات بخار شده بودند.[۶۴]
عمده محصولات کشاورزی را می‌توان به‌طور گسترده در گروه‌های غذایی، الیاف، سوخت و مواد اولیه (مانند لاستیک) دسته‌بندی کرد.
در دهه‌های نخست جمهوری اسلامی به‌ویژه دوران وزارت عیسی کلانتری، ترویج مصرف کودهای ازت و فسفره در ایران توسط وزارت کشاورزی ایران انجام گرفت،[۲۳] اما با وجود اهمیت کاربرد درست کودهای شیمیایی، در میان کشاورزان ایرانی تنها استفاده از کودهای نیتروژنه (مانند اوره و آمونیوم) و کودهای فسفره آن‌هم به‌صورت نامتناوب و یکباره رایج است؛ که عدم مصرف کودهای پتاس و عدم مصرف کودهای ریزمغذی (مانند آهن)، منجر به عدم جذب متوازن کودها نسبت به نیاز گیاه، و بالطبع افت بسیار شدید عملکرد محصولات کشاورزی ایران، به‌علاوه انباشت کودهای نیتروژنه در بافت گیاهان به‌صورت خام و مصرف‌نشده (تجمع نیترات) گردیده که خود منجر به نارسایی‌های گوارشی و حتی سرطان در مصرف‌کنندگان و مرجوعی بسیاری از محصولات کشاورزی ایران از بازارهای صادراتی گشته است.[۲۴][۲۵][۲۶][۲۷]
[۳۸] سیستم‌های زراعی بسته به منابع و محدودیت‌های موجود در مزارع متفاوت است. این منابع و محدودیت‌ها عبارتند از: جغرافیا و آب و هوای مزرعه؛ سیاست‌های دولت؛ فشارهای اقتصادی، اجتماعی و سیاسی؛ و فلسفه و فرهنگ کشاورز.[۵۰][۵۱]
آلودگی آب در یک جوی آب روستایی به دلیل رواناب حاصل از فعالیت‌های کشاورزی در نیوزیلند کشاورزی از طریق تأثیراتی مانند آسیب آفت کش‌ها به طبیعت (به ویژه علف کش‌ها و حشره کش‌ها)، رواناب کودهای شیمیایی، استفاده زیاد از آب و از بین رفتن محیط طبیعی، هزینه‌های خارجی متعددی را به جامعه تحمیل می‌کند. ارزیابی سال ۲۰۰۰ کشاورزی در انگلیس، کل هزینه‌های خارجی را برای سال ۱۹۹۶، ۲۳۴۳ میلیون پوند یا ۲۰۸ پوند برای هر هکتار تعیین کرد.[۷۲] آنالیزی که در سال ۲۰۰۵ بر روی این هزینه‌ها در آمریکا انجام شد نتیجه گرفت که زمین‌های زراعی تقریباً ۵ تا ۱۶ میلیارد دلار (۳۰ تا ۹۶ دلار در هر هکتار) هزینه تحمیل می‌کند، در حالی که تولید دام ۷۱۴ میلیون دلار هزینه تحمیل می‌کند.